Subproject C.8
Molecular dynamics simulations for the detection of unfolding pathways and stable conformations of DNA Gquadruplexes
Wir beschäftigen uns mit der Stabilität und den Entfaltungspfaden von DNA-Strukturen, insbesondere den sogenannten DNA G-Quadruplexe, die in den letzten Jahren in der molekularbiologischen Forschung vermehrt für Aufmerksamkeit gesorgt haben.
In atomistischen Molekulardynamik-Simulationen wollen wir freie Energielandschaften ermitteln, die Aufschluss über die relative Stabilität dieser Strukturen geben sollen. Desweiteren soll auch der Einfluss verschiedener Metallkationen wie einwertiger Natrium- und Kaliumionen untersucht werden und der Einfluss verschiedener Osmolyte wie Harnstoff und Hydroxyectoin auf die Entfaltungspfade als auch auf die freien Energielandschaften abgeschätzt werden.
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